Nicht ausreichend wärmeisolierte Fenster können mitunter ebenfalls Wärmeleiter darstellen und somit die passive Energiegewinnung eines Passivfertighauses sehr negativ beeinflussen. Daher sollte für den Bau eines Passivhauses ausschließlich Fenster verwendet werden, welche einen hohen Isolierungsgrad besitzen. Hierfür finden sich heutzutage Fenstersysteme, welche eine sogenannte Dreischeiben-Wärmeschutzverglasung besitzen. Bei dieser Art der Verglasung werden drei Glasscheiben hintereinander montiert und die so entstehenden beiden Zwischenräume mit einem speziellen Edelgas gefüllt. Durch die spezielle Bauweise der Fenster besitzen diese hervorragende dämmende Eigenschaften.

Auch die Fensterrahmen müssen mithilfe eines thermisch getrennten Randverbunds abgedämmt werden.

Beim Einsetzen der Fenster müssen auch unbedingt die Fensterrahmen sehr gut abgedämmt werden, da auch diese ungewollte Wärmeleiter darstellen können. Prinzipiell ist es egal, ob sich der Bauherr bei seinen Fenstersystemen für Holz- oder Kunststoffrahmen entscheidet, da das Material der Fensterrahmen keinen Einfluss auf die Wärmedämmung der Fenster hat. Wichtig ist nur, die Fensterrahmen, wie bereits erwähnt, ausreichend abzuisolieren. Für die Dämmung der Rahmen wird zumeist ein sogenannter thermisch getrennter Randverbund eingesetzt.

Bei Fenstern mit Dreischeiben-Wärmeschutzverglasung spüren die Bewohner keine Wärmeabstrahlung.

Aufgrund der speziellen Bauart der Fenster mit Dreischeiben-Wärmeschutzverglasung und einem thermisch getrennten Randverbund kühlen diese selbst im Winter nur auf ungefähr 17° C ab. Aus diesem Grund ist eine Kälteabstrahlung, wie sie bei geläufigen, doppelverglasten Fenstersystemen üblich ist, für die Bewohner des Passivfertighauses nicht spürbar. Auch eine Wärmeabstrahlung nach draußen wird durch die spezielle Bauart dieser Fenstersysteme sehr effektiv unterbunden.